Il fut pendant des siècles le sanctuaire national de toute l’Espagne. On y vénère aujourd’hui encore une statue de la Vierge en bois noir haute d’un mètre de haut. Le manuscrit retrouvé avec la statue et signé par les autorités ecclésiastiques de l’époque indique que la statue a été originellement sculptée par l’évangéliste saint Luc lui-même, puis, amenée à Rome au 6e siècle et offerte en 590, à saint Léandre, archevêque de Séville, par le pape saint Grégoire le Grand.
Au moment de l’invasion arabe, des prêtres fuyant Séville (714) emmenèrent la statue et la cachèrent dans l’Estrémadure, près d’une rivière appelée Guadalupe. C’est là qu’en septembre 1323, suite à une apparition de la Vierge, un vacher l’a retrouvée. La statue actuelle date probablement des dernières années du 12e siècle, de facture romane ; elle est en bois de cèdre.
L’histoire de sa découverte ne relève pas de la légende. Une commission d’enquête désignée par le clergé de Caceres a interrogé le vacher peu de temps après l’apparition et a assisté à la découverte de la statue. L’histoire se place alors que la Reconquista était déjà bien engagée et que l’Église, dans les zones libérées des musulmans, retrouvait ses droits et ses sanctuaires. Un vacher Gilles Cordero s’aperçut un soir qu’il lui manquait une bête. Après 3 jours de recherches dans la Sierra il la retrouva comme morte mais sans aucune blessure. Alors qu’il s’apprêtait à inciser la bête pour récupérer la peau, il fit un signe de croix sur le ventre de l’animal comme lorsqu’on bénit le pain avant de manger. A ce moment là, la vache se redressa et au même instant la Vierge Marie apparut et dit :
« Ne crains rien je suis Marie la Mère de Dieu, Sauveur de l’humanité. Prends ta vache, conduis-la à la bergerie avec les autres, rentre ensuite chez toi et dis aux clercs de Caceres ce que tu as vu. Dis-leur de ma part que c’est moi qui t’envoie et qu’ils viennent tous ici. Ils creuseront sous les pierres à l’endroit même où tu as trouvé ta vache morte.
Ils trouveront, enfouie sous ces pierres, une statue me représentant. Et quand ils la trouveront dis-leur qu’ils ne la changent pas de place, qui ne l’emmènent pas ailleurs. Mais qu’ils construisent une petite maison pour la mettre à l’intérieur. Car viendra un temps où la maisonnette se transformera en une église de grande renommée et un village important surgira autour. »
Gilles Cordero s’en retourna à Caceres. Le clergé ne crut pas à son histoire et le berger rentrant chez lui retrouva son fils mort. Il pria alors la Vierge de ramener son fils à la vie et qu’ainsi, tout le monde crût en son histoire miraculeuse. Lorsque les prêtres se préparèrent à célébrer les funérailles, le fils revint à la vie, se leva et dit « qu’une femme l’avait aidé à se lever ». C’est ce second miracle qui incita le clergé à accorder foi au récit du vacher. Une commission fut alors nommée pour l’interroger et l’accompagner sur les lieux de l’apparition. Après qu’on eut creusé le sol, une statue fut effectivement retrouvée dans un abri recouvert d’ardoises. Un ermitage provisoire de pierres et de branches fut aussitôt édifié pour abriter la statue.
En 1330 le roi Alphonse XI roi de Castille et de Léon, se rendit sur les lieux et fit construire une chapelle. Puis un monastère s’établit à proximité. Les rois espagnols, lors de la Reconquista, ne manquèrent pas de venir invoquer Notre-Dame de Guadalupe.