Le sanctuaire des trois épis ne comptait à l’époque, aucun édifice. C’était seulement une vaste forêt. Le 3 mai 1491, à 10h du matin, un forgeron du village d’Orbey nommé Thierry Schoeré, passait dans cette forêt pour se rendre au marché de Niedermorschwihr. Il s’arrêta au pied d’un chêne où une image de Jésus crucifié avait été suspendue en mémoire d’un faucheur qui s’était mortellement blessé à cet endroit. Il s’agenouilla devant l’image et fit une prière pour le repos de l’âme du défunt. À peine sa prière était-elle achevée, qu’il vit dans une grande lumière la Vierge vêtue d’une grande robe, d’un manteau, et d’un voile blancs. Dans sa main gauche elle tenait un glaçon, dans la droite trois épis sur une même tige. Elle dit au forgeron :
« Mon fils, les habitants de la région vivent en de grands péchés. Dieu allait leur envoyer de terribles châtiments… et ce glaçon symbolise les gelées, la grêle la pluie les maladies et autres châtiments ; mais comme la chaleur de ma main commence à faire fondre le glaçon, ainsi mes instantes prières ont obtenu que Dieu leur fasse grâce du châtiment, et comme le symbolisent ces trois épis, Il leur accordera la prospérité de leurs cultures, s’ils cessent de pécher et si, d’un cœur contrit, ils font pénitence.
Au nom de mes deux symboles va à Niedermorschwihr et dis aux habitants de se repentir de leurs forfaits et d’entreprendre des pèlerinages ; qu’ils cessent de pécher et qu’ils transmettent ce message aux autres localités afin que tous se convertissent. Là où l’on ne suit pas mes recommandations, l’on subira sans tarder le châtiment de Dieu. »
Le forgeron osa intervenir : « Hélas ! et comment me croiront-ils si je leur porte cette nouvelle ? »
La Vierge répondit : « Ces signes que tu vois dans ma main donneront créance à tes paroles. »
Puis elle disparut.
Thierry se rendit au marché de Niedermorschwihr, mais il n’osa parler à personne de l’apparition. Il acheta le sac de blé qu’il était venu chercher et s’apprêtait à repartir. Quand il voulut charger ce sac sur son cheval, il ne parvint pas à le soulever de terre. Il appela d’autres hommes pour l’aider. En vain. Le sac de blé devint le centre d’attraction du marché.
Le forgeron alors regretta d’avoir failli à sa mission et il raconta l’apparition de la Vierge et ses demandes. Il put ensuite charger seul sans difficulté son sac de blé et rentrer chez lui. Très rapidement une modeste chapelle en bois fut édifiée sur le lieu de l’apparition, et dès 1493, fut entreprise la construction de la chapelle actuelle.
L’Alsace est un des foyers éclatants de cet humanisme qui va amener la Réforme protestante. Dans cette apparition, la Vierge Marie rappelle que Dieu agrée la prière pour le repos de l’âme des défunts, l’intercession mariale et les pèlerinages : autant de pratiques que le protestantisme va bannir.