Fue durante siglos el santuario nacional de toda España. Todavía hoy se venera allí una estatua de la Virgen hecho de madera negra, de un metro de altura. El manuscrito encontrado con la estatua y firmado por las autoridades eclesiásticas de la época indica que la estatua fue esculpida originalmente por el mismo evangelista San Lucas, luego traída a Roma en el siglo VI y ofrecida en el año 590 a San Leandro, arzobispo de Sevilla. por el papa San Gregorio Magno.

En el momento de la invasión árabe, los sacerdotes que huían de Sevilla (714) tomaron la estatua y la escondieron en Extremadura, cerca de un río llamado Guadalupe. Fue allí donde en septiembre de 1323, tras una aparición de la Virgen, la encontró un vaquero. La estatua actual data probablemente de los últimos años del siglo XII, de construcción románica; es de madera de cedro.

La historia de su descubrimiento no es legendaria. Una comisión de investigación nombrada por el clero de Cáceres interrogó al vaquero poco después de la aparición y fue testigo del descubrimiento de la estatua. La historia transcurre cuando la Reconquista ya estaba en marcha y la Iglesia, en las zonas liberadas de los musulmanes, recuperaba sus derechos y santuarios. Un pastor de vacas, Gil Cordero, se dio cuenta una noche de que le faltaba un animal. Después de 3 días de búsqueda en la Sierra la encontró muerta, pero sin heridas. Cuando estaba a punto de incidir al animal para recuperar la piel, hizo una señal de la cruz en el vientre del animal como cuando se bendice el pan antes de comer. En ese momento la vaca se enderezó y, en el mismo instante, se apareció la Virgen María y dijo:

«No temas, soy María, la Madre de Dios, Salvador de la humanidad. Toma tu vaca, llévala al redil con las demás, luego ve a casa y cuéntales a los clérigos de Cáceres lo que viste. Diles de mi parte que yo te envié y que todos vengan aquí. Cavarán debajo de las piedras donde encontraste tu vaca muerta.

Encontrarán, enterrada bajo estas piedras, una estatua que me representa. Y cuando la encuentren, diles que no la cambien de lugar, que no la lleven a otro lado, sino que construyan una pequeña casa para ponerla adentro. Porque llegará un momento en que la casita se convertirá en una iglesia de gran renombre y alrededor de ella surgirá un pueblo importante».

Gil Cordero volvió a Cáceres. El clero no creyó su historia y el pastor, al regresar a casa, encontró a su hijo muerto. Entonces le rogó a la Virgen que le devolviera la vida a su hijo para que todos creyeran en su historia milagrosa. Cuando los sacerdotes se preparaban para realizar el funeral, el hijo cobró vida, se puso de pie y dijo que «una mujer lo había ayudado a levantarse». Fue este segundo milagro lo que llevó al clero a creer la historia del pastor. Luego se nombró una comisión para interrogarlo y acompañarlo al lugar de la aparición. Después de cavar el suelo, se encontró una estatua en un refugio cubierto con pizarras. Inmediatamente se construyó una ermita temporal de piedras y ramas para albergar la estatua.

En 1330 el rey Alfonso XI, rey de Castilla y León, visitó el lugar e hizo construir una capilla. Luego se estableció un monasterio cercano. Los reyes españoles, durante la Reconquista, no dejaron de acudir e invocar a Nuestra Señora de Guadalupe.

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